Trama: Sono trascorsi quindici anni da quando Selene e il suo amore, Michael, un ibrido umano-Lycan, hanno sconfitto l'Anziano Marcus in Underworld Evolution, ma da allora il genere umano ha scoperto l'esistenza sia dei Vampiri che dei Lycan e ha scatenato una guerra senza quartiere per sterminarli. Selene, catturata durante il genocidio, si risveglia dopo oltre dieci anni e si ritrova prigioniera in un laboratorio di Antigen, una potente compagnia biotech impegnata a sviluppare un vaccino contro i virus che hanno creato Vampiri e Lycan.
Selene è distrutta dalla scoperta che Michael è morto, ma il suo dolore presto passa in secondo piano quando viene a sapere che, mentre era in stato criogenico, ha dato alla luce una bambina, Eve (India Eisley). Alla ricerca di un rifugio per sé e per la figlia, Selene scopre che il suo orgoglioso popolo è stato cacciato fin quasi all'estinzione e che i pochi sopravvissuti, nascosti nel sottosuolo, la respingono.
Al fianco di Selene nella sua vendetta contro Antigen, dove forze oscure tramano per sterminare lei e la figlia, si schiera un giovane vampiro, David (Theo James). Ma nei confronti dei nemici di sempre, i Lycan, che ancora una volta stanno riprendendo il predominio, perfino Selene sembra impotente di fronte al più feroce e crudele antagonista della storia di Underworld - un super Lycan geneticamente modificato.
